Eksploatowanie podziemnych cieków wodnych jest mocno ograniczone, ponieważ tylko na nielicznych działkach są wystarczająco duże cieki, a na dodatek, o nieodpowiednim składzie chemicznym wody. Znaczna ilość wapnia, żelaza i manganu doprowadzają do tego, że filtry się zapychają, podobnie wymienniki ciepła. Skutkiem jest często również zamulenie studni zrzutowej, która nie jest wstanie przyjmować wody. Zastosowanie dodatkowego wymiennika ze stali szlachetnej pomoże w wyczyszczeniu filtra z osadów, ale może to doprowadzić do pogorszenia sprawności układu (uzysk ciepła jest zdecydowanie mniejszy). Instalacja ze względu na regularne czyszczenie wymiennika, przestaje mieć formę bezobsługową.
Ułożenie pętli kolektora na dnie stawu lub rzeki, jest ciekawym wariantem wykorzystania wód. Jednak niewiele działek posiada dostęp do dużych zasobów wodnych, przez co nie jest to popularne rozwiązanie. Układ ten z racji swojej bezawaryjności i efektywności jest nadal warty uwagi. Woda ma zdolność do akumulacji ciepła, przez co kolektor umieszczone na dnie stawu może być mniejszy, niż kolektor układany w gruncie. Zimą, woda zalegająca w strefie przydennej, przyjmuje największą gęstość w temperaturze +4 stopnie Celsjusza. Natomiast jakość samej wody nie ma większego znaczenia, ponieważ nigdzie nie jest przetłaczana.